Решение об открытии Куженерского краеведческого музея было принято в октября 1990 года. В Куженерском райкоме партии состоялось совещание с повесткой дня: об открытии районного музея. Первая экспозиция открылась 7 ноября 1990 года в здании нынешней Новоникольской церкви.

   С января 1991 года выделена штатная единица директора. Первый директор - Попов Владислав Васильевич, проработавший до 15 сентября 1997 года, начал сбор материалов ещё будучи инструктором райкома КПСС. Ездили по деревням, собирали экспонаты. Помогали школы, делились со своими материалами, райком партии передал свою библиотеку.

   Приказом №20 от 21 января 1991 года по Министерству культуры музей был создан как филиал республиканского музея им. Т. Евсеева.

   27 января 1997 года Куженерский историко-краеведческий музей передан в ведение Куженерского отдела культуры. К этому периоду число единиц основного фонда составило 288, а научно-вспомогательного - 1036.

   С 1 октября 1997 по 12 июня 2000 года директором музея работала Фонарёва Ирина Аркадьевна. В этот период начали восстанавливать Кужененерскую Новоникольскую церковь,    поэтому весной 2000 года музей перевели по адресу: ул.Заречная, 4. К этому периоду в основном фонде насчитывалось 344 экспоната, в научно-вспомогательном - 1084.
 
   С 13 июня 2000 года по 2 ноября 2003 года обязанности директора на период декретного отпуска Фонаревой И. А. исполняла Петрова Людмила Анисимовна, до этого с 8 августа 1999 года работавшая методистом музея. Число экспонатов основного фонда выросло до 420, а научно-вспомогательный фонд составил - 1267.
 
   С 11 ноября 2003 года по 12 сентября 2006 года директором музея работала Быкова Ираида Максовна. Укрепились связи музея со школами, детскими дошкольными учреждениями. За период её работы число экспонатов основного фонда составило - 1108, а научно-вспомогательного - 2392.
 
   С 12 сентября 2006 года директором музея работает Петухова Зинаида Алексеевна. Постановлением Главы адмистрации Куженерского муниципального района от 21 декабря 2007 года №589 создано муниципальное учреждение культуры "Куженерский районный музейно-выставочный центр". В настоящее время в основном фонде числится 1635 единиц хранения, в научно-вспомогательном фонде - 3697.
 
   В музее действуют выставочный зал, зал боевой славы, зал истории района, этнографический зал "Внутреннее убранство крестьянской избы", зал "Крестьянское подворье", кабинет В.М. Регеж-Горохова.