Когда-то на месте Куженера был сосновый бор. Деревня Куженер (в переводе с марийского - "длинный ручей") возникла как казенный починок на правом берегу реки Немда предположительно в конце 17 - начале 18 века, относилась к Уржумскому уезду Вятской губернии.

  Крестьяне окрестных деревень обнаружили в Куженерской роще родник с холодной и прозрачной водой, до сих пор считающийся святым. Сюда ходили умываться, испить целебной воды. Один из них так излечился от головной боли и трахомы (болезнь глаз), после чего установил у источника столбик с иконой святого великомученика Пантелеймона-целителя. В 1884 году у святого ключа была построена часовня, где трижды в год совершали богослужения священники из соседних деревень.

  Исключительным событием, давшим дальнейшее и довольно быстрое в тех условиях развитие населенного пункта, стало строительство монастыря. 31 декабря 1901 года Святейший Синод официально учредил Куженерско-Николаевскую женскую общину. Община разрасталась, строились здания.

  В 1918 году монастырскую общину, состоящую из 9 зданий, закрыли. Монахинь разогнали, имущество арестовали. Пропали и до сих пор не найдены все ценности и книги, принадлежащие монастырю.

  Одно из зданий (бывшая трапезная) сохранилось по сей день. В нём располагается  Новоникольский храм, вновь открытый в 1996 году.